1990年代に入ると、立教学院では学校間の相互連携による一貫性のある教育をめざす一貫連携教育の取り組みが本格化しました。2000（平成12）年にそれまでの立教中学校・立教高等学校を再編し、中高一貫校としての立教池袋中学校・高等学校、立教新座中学校・高等学校が開校しました。その後も立教学院の各学校では一貫連携教育の充実に取り組んでいます。

1998（平成10）年、39年ぶりとなる新学部、観光学部とコミュニティ福祉学部が、新座キャンパス（90（平成2）年開校）に設置されました。以後、立教大学は、急速な拡大の道をあゆみます。2002（平成14）年には3つの独立研究科、04（平成16）年には法科大学院、06（平成18）年には経営学部（池袋）と現代心理学部（新座）、08（平成20）年には異文化コミュニケーション学部（池袋）を設置しています。また、学部内の学科構成も大幅に再編されるとともに、立教独自の新たな教養教育を目指して、「全学共通カリキュラム」（1997年）がスタートしています。

現在立教学院では、教育目的である「キリスト教に基づく人間教育」を実現するため、各学校に共通する教育目標として、（1）「テーマをもって真理を探求する力」を育てる（2）「共に生きる力」を育てることを掲げています。

（写真7_02、03）中学校旧校舎の礎石とタイムカプセル
新校舎の完成にともない取り壊された旧校舎（大学との共用、12号館）の礎石（写真左）から、明治期と大正期の二つのタイムカプセルが発見された（写真右）。それぞれ、42点と12点の貴重な資料が収められていた。

（写真7_04）立教中学校・高等学校の制服変更
立教学院では一貫連携教育に基づく再編により、2000(平成12)年に池袋と新座にそれぞれ中学校、高等学校を設置した。それに伴い制服もブレザータイプに一新した。